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各省、自治区、直辖市、计划单列市财政厅（局）：
　　为了规范新型农村合作医疗(以下简称新农合)补助资金实行国库集中支付后的会计核算管理，根据《财政部关于印发〈新型农村合作医疗补助资金国库集中支付管理暂行办法〉的通知》（财库[2008]33号）、《财政部 卫生部关于印发〈新型农村合作医疗基金财务制度〉的通知》（财社[2008]8号）、《财政部关于印发〈财政总预算会计制度〉的通知》（财预字[1997]287号）、《财政部关于印发〈社会保障基金财政专户会计核算暂行办法〉的通知》（财社字[1999]118号）及财政国库管理制度有关规定，现对新农合补助资金会计核算有关事项通知如下：
　　一、市、县级财政总预算会计核算
　　（一）市、县级财政部门收到上级财政部门直接支付到本级社会保障基金财政专户(以下简称社保基金财政专户)的新农合补助资金，根据本级社保基金财政专户会计转来的加盖印章的社保基金财政专户收款凭证复印件记账，会计分录为：
　　借：一般预算支出　
　　贷：与上级往来
　　年度终了，根据相应的预算文件进行账务处理，会计分录为：
　　借：与上级往来
　　贷：补助收入
　　（二）市、县级财政部门将本级承担的新农合补助资金从国库拨入特设专户，根据人民银行国库部门转来的付款凭证回单和特设专户代理银行转来的收款凭证进行账务处理，会计分录为：
　　借：其他财政存款
　　贷：国库存款
　　（三）市、县级财政部门将本级承担的新农合补助资金通过特设专户直接支付到本级社保基金财政专户，根据特设专户代理银行转来的付款凭证回单记账，会计分录为：
　　借：一般预算支出　
　　贷：其他财政存款
　　（四）市级财政部门将本级承担的新农合补助资金通过特设专户直接支付到县级社保基金财政专户的，市级财政总预算会计根据特设专户代理银行转来的付款凭证回单进行账务处理，会计分录为：
　　借：与下级往来　
　　贷：其他财政存款
　　年度终了，根据预算文件进行账务处理，会计分录为：
　　借：补助支出　
　　贷：与下级往来
　　（五）县级财政部门将本级承担的新农合补助资金通过特设专户直接支付到市级社保基金财政专户的，市级财政总预算会计不记账，县级财政总预算会计根据特设专户代理银行转来的付款凭证回单进行账务处理，会计分录为：
　　借：一般预算支出　
　　贷：其他财政存款
　　二、市、县级社保基金财政专户会计核算
　　（一）新农合补助资金和其他来源的新农合基金纳入社保基金财政专户管理后，社保基金财政专户相应增设“406新型农村合作医疗基金收入”、“506新型农村合作医疗基金支出”、“306新型农村合作医疗基金结余”三个一级会计科目及明细分类账，并按照《财政部关于印发〈社会保障基金财政专户会计核算暂行办法〉的通知》（财社字[1999]118号）有关要求进行账务核算。
　　（二）“新型农村合作医疗基金收入”科目核算社保基金财政专户收到的参合农民个人缴纳、集体扶持、政府资助筹集的新农合基金收入。该科目按照资金来源设置二级明细科目，包括：农民个人缴费收入、农村医疗救助资助收入、集体扶持收入、财政补贴收入、上级补助收入、下级上解收入、利息收入、其他收入。其中，“农民个人缴费收入”科目核算参合农民按照规定的缴费标准缴纳的资金收入；“农村医疗救助资助收入”科目核算农村医疗救助资金代资助对象缴纳的资金收入；“集体扶持收入”科目核算乡(镇)、村等集体经济组织扶持新农合的资金收入；“财政补贴收入”科目核算财政补助新农合的资金收入；“上级补助收入”科目核算上级社保基金财政专户下拨的新农合基金收入；“下级上解收入”科目核算下级社保基金财政专户上解的新农合基金收入；“利息收入”科目核算新农合基金存入银行所取得的利息收入；“其他收入”科目核算社会组织和个人对新农合的捐赠收入及经财政部门核准的其他收入。
　　社保基金财政专户收到新农合基金收入时，根据社保基金财政专户代理银行转来的收款凭证记账，会计分录为：
　　借：银行存款　
　　贷：新型农村合作医疗基金收入——财政补贴收入等
　　收到上级财政部门转入新农合补助资金，市或县级社保基金财政专户会计须同时将加盖印章的收款凭证复印件交本级财政总预算会计记账。
　　（三）“新型农村合作医疗基金支出”科目核算从社保基金财政专户向新农合基金支出户拨付或直接与定点医疗机构结算的新农合基金支出，以及上下级社保基金财政专户之间的补助或上解的新农合基金支出。该科目按照资金的拨付渠道设置二级明细科目，包括：拨付支出户支出、直接结算支出、补助下级支出、上解上级支出。其中，“拨付支出户支出”科目核算向新农合基金支出户拨付参合农民医药费用的补偿支出；“直接结算支出”科目核算直接与定点医疗机构结算参合农民医药费用的补偿支出；“补助下级支出”科目核算向下级社保基金财政专户下拨的新农合基金支出；“上解上级支出”科目核算向上级社保基金财政专户上解的新农合基金支出。
　　社保基金财政专户拨付新农合基金支出时，根据社保基金财政专户代理银行转来的付款凭证回单进行账务处理，会计分录为：
　　借：新型农村合作医疗基金支出——拨付支出户支出等　
　　贷：银行存款
　　（四）“新型农村合作医疗基金结余”科目核算社保基金财政专户内新农合基金收支相抵后的结余。年终转账时，将“新型农村合作医疗基金收入”、“新型农村合作医疗基金支出”科目余额分别转入“新型农村合作医疗基金结余”科目，会计分录为：
　　借：新型农村合作医疗基金收入　
　　贷：新型农村合作医疗基金结余
　　借：新型农村合作医疗基金结余
　　贷：新型农村合作医疗基金支出
三、其他事项
　　新农合补助资金实行国库集中支付后，省级财政总预算会计、国库支付执行机构会计及其他环节的会计账务处理,参照《财政部关于印发〈农村义务教育经费保障机制改革中央专项资金会计核算暂行办法〉的通知》（财库[2006]27号）执行。实行省直管县财政管理体制的地方，市、县级财政总预算会计账务处理等事项由省级财政部门依照本通知规定制定。